全自動菌落計數器，由圖像采集系統和菌落統計分析軟件構成，具有菌落統計、典型菌篩選、菌株特征檢測與描述等功能，適用于生物醫藥、檢驗檢疫、疾病控制、質量監督、環境監測、食品衛生，以及大專院校、研究院所等領域中的微生物菌落分析和科學研究。
很多用戶偏向于選擇像素高的菌落計數器，卻沒考慮到檢驗和科研的實際應用需求，所以用戶在選購前就要確定好自己要買多少像素的CCD傳感器。
在選購菌落計數器時一定要選有具有數據及報表管理功能的設備，于由微生物的不可復檢性，對于以往檢驗數據的管理和回溯極為重要，不然在實際開展工作時繁雜的統計數據和報表管理會耗盡科研人員的精力。
全自動菌落計數器的一個主要優點在于它降低了人工統計菌落的工作量，減輕了工作人員的工作強度，但由于菌落形態和樣品狀態的不確定性，市面上大多數菌落計數器都較為強調通過人工干預來提高準確度。用戶在選購設備時應注意操作是否簡便、是否符合工作人員的操作習慣和操作思路。一般來說，需要的人工干預越小，使用越簡便。
