在現今的高新科學技術下，
自動菌落計數器因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。
菌落計數
在常規的微生物學實驗中，不管是食品衛生細菌學檢測，還是藥品微生物限度檢查，還是研究活性物質的抑菌性能實驗，都常常需要對樣品中的微生物進行定量或者濃度計算；眾多微生物定量方法中常用的就是對培養后的皮氏培養皿上所生長菌落進行總數統計的菌落總數統計定量方法。
目前，大多數實驗室仍采用傳統的人工肉眼結合菌落計數器的計數方法：借助放大鏡的觀察，用計數筆點擊每一個菌落，計數器計數每一個點擊產生的壓力電子脈沖得出總數。
自動菌落計數器應用領域介紹
這樣雖然成本低廉，但有以下幾大缺點：
1、識別和記數錯漏：所有的計數都依靠對壓力脈沖產生次數的記錄，不同人員的操作產生的壓力不同就難免產生漏記，而且計數的結果也因操作人員對菌落的識別經驗不同而產生差異，系統偏差較大。
2、標記和修正不便：肉眼計數和菌落計數器計數都依靠計數筆在被統計的菌落上留下墨水筆跡來進行標記，因此在存在密集菌落的情況下就標記不便，而且發現誤統計時需擦去墨水痕跡導致修正不便。
3、效率低下：肉眼計數和菌落計數器計數都需要人工用肉眼識別每一個菌落，因此一旦樣品較多就會耗費大量的時間，影響研究或是結果報告的效率。
4.、原始結果無法保存：在做完統計后，留下了一個統計數字，而對記錄和驗證實驗結果很重要的培養平板表面菌落生長狀況卻因為平板的洗掉而無法保存。
要實現菌落總數的動態監測，增加分析頻度是關鍵。目前國家標準中工業循環冷卻水和電子級水的細菌總數測定是標準平皿計數法，這種標準方法雖然準確但需經過水樣采集，梯度稀釋，培養和人工計數等步驟，操作繁瑣，人力物力消耗大。
近年來環境監測機構，環境檢測中心等單位紛紛引入自動化菌落計數設備-全自動菌落分析儀來滿足增加細菌分析頻度的需要。經驗證，這種自動菌落計數器數秒就能準確計算出一個平板上幾千個微小菌落，因此可以省卻煩瑣的樣品梯度稀釋步驟和實驗材料損耗；因為是機器自動菌落計數，又省卻了重復枯燥容易疲勞的人工計數步驟，使工作人員完成每天的微生物檢測工作。
